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核酸提取与质量控制
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PCR体系构建
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PCR程序说明
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凝胶电泳
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鉴定服务与寄送标准
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常见问题及解决方案
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1、PCR假阴性(扩增条带弱或无条带)
A 特征
● 样本意义条带无非扩张或条带弱;● 阳性对照同样没有条带或条带极弱;
B 原因
● 目的片段条带过大导致扩增效率低;
● DNA模板质量较差或扩增体系不合适(扩增酶扩增效率不高或PCR程序不合适等);
● PCR仪温控模块差异;
C 解决方式
● 设计备用引物,尽量缩短PCR产物大小;
● 使用试剂盒提取纯化DNA模板或优化鉴定体系(建议参照集萃ob电竞官网入口 推荐的程序进行鉴定);
● 可尝试使用三步法PCR程序进行扩增,同时由于仪器、操作等环节依然存在变量,若上述处理无法改善,建议梯度测试最优退火温度。
2、PCR假阴性(泳道弥散状、伴随核酸挂孔或较严重的引物二聚体现象)
A 特征
● 胶孔大量发光,DNA无法脱离胶孔;
● 泳道出现弥散状抹带,通常伴随挂孔现象;
● 在胶图的最下方,常有比较明显的非目的条带;
B 原因
● DNA通过碱裂解、一步法试剂盒提取,未经纯化使用,蛋白裹在核酸上,导致核酸无法跑出胶孔;
● DNA模板附着较多杂质,影响引物的退火结合;
● 弥散的泳道通常为一些降解的核酸片段;
C 解决方式
● 重新纯化提取DNA或稀释DNA模板(降低杂质比例);
● 更换备用引物或者使用高效率的扩增酶;
● 及时电泳,避免扩增产物长时间存放室温或4℃冰箱。
3、PCR假阳性(出现扩增污染)
A 特征
● 阴性对照、空白对照出现不符合预期的条带,通常会稍弱于阳性样品的主带,偶有与主带完全相同的亮度;
● 常发生于PCR产物小于500bp的反应中,产物越小,污染可能性越高;
B 原因
● 样品交叉污染,包括DNA模板、扩增体系配置或者电泳时污染;
● 气溶胶污染,少量样品鉴定时偶发,大批量样品鉴定、或者长时间使用同一对引物鉴定时发生频率明显增高;
C 解决方式
● 轻微污染时,提高退火温度、减少3-5循环、稀释DNA模板同时进行;
● 污染严重时,重新设计备用引物检测,条带不小于500bp,同时使用上述调整体系。
4、PCR特异性差(存在非特异性条带)
A 特征
除为的条带外,普遍存在任何非特异聊天测序的乙酰乙酸,有时候非非特异聊天乙酰乙酸与为的带非常接近,会影响效果评判;B 原因
● 引物不特异;
● 酶的效率太强、退火温度偏低、退火延伸时间过长;
C 解决方式
● 非特异性扩增条带较弱时,提高退火温度、减少3-5循环、稀释DNA模板同时进行,可有效抑制非特异性扩增;
● 非特异性扩增条带较强时(杂带亮度与目的带几乎一样或者更亮),重新设计PCR引物。
5、PCR优势扩增
被检员工仍处于杂合状况时,时不时会经常出现较短片视频段等位遗传基因PCR增加副产品压低或压低较长场面PCR增加副产品,恐怕有机会有很大条带彻底是没办法PCR增加;A 特征
B 原因
● 当一个PCR反应中存在超过一种产物时,不同的产物会存在竞争性扩增,导致其中一种产物的产量远大于其他产物;
● 通常小条带比大条带更容易扩增,且两条带差距越大,优势扩增现象越明显;
● 个别情况下,比如产物序列存在特殊结构,也会出现大条带优势扩增现象;
C 解决方式
集萃ob电竞官网入口 签定情况报告为避开强势PCR增加串扰,经常2条带一定差距以上300bp,会依次装修设计引物使用于手机验证,避开强势PCR增加有。6、电泳条带弯曲
A 特征
电泳结果显示出来“笑容状条带”;B 原因
制法琼脂糖凝露时,高温尾部分水份挥发,引致琼脂糖凝露中的电泳液溶度,如果超过电泳槽中的电泳液溶度。此情此景胶孔中的PCR货物,中心站城市移迁频率快,身边的紧邻电泳液的货物移迁频率慢,彰显出重要的弯折;C 解决方式
煮开疑胶后,都要放入减压生理盐水,补充减压蒸馏的占地,都要需注意很快放入,并同一时间不光滑晃荡,避免出现部分区域降热过快,导致疑胶水冷却不不光滑行成起块。7、实际电泳条带与目的带大小不符
A 特征
过程与Marker或其他的相较很很,实际效果胶图上的最终目的带与监定实施方案进标记的产品大大小小有误;B 原因
● 凝胶问题(质量较差、浓度较低)或者电泳时间不合适;
● Marker质量问题;
● 序列更新或标记的产物大小有偏差;
C 解决方式
● 调整凝胶浓度、电泳条件等条件(建议参照集萃ob电竞官网入口 推荐的电泳体系);
● 更换合适品牌的Marker;
● 尝试使用备用引物。
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PCR的优势扩增
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在指定个PCR反响体系中中,长期有2种或2种及以上的PCR乙酰乙酸时,不一的乙酰乙酸PCR扩张吸收率长期有距离,仅以PCR的特色PCR扩张现像(如图甲所示示1,乙酰乙酸②的PCR扩张吸收率很深低于乙酰乙酸①)。
所示 1表现形式:
当三种结果的GC含氧量比较敏感、结果过程都不会出现特俗结构类型且展开周期至少时,小条带的扩张学习效应如果超过大条带的扩张学习效应。产生原因:
①根据Taq酶在一直的性变-渗碳-伸延方式中,酶的灵活性在不断极大减少(往往35-40循坏后酶基本降解),而20-40循坏中伴随着酶活的极大减少,大场面结果的伸延丰度有质量也极大极大减少,而小场面的伸延有质量受应响较小,故PCR循坏中,小场面结果的PCR扩增含锌量将欧亚于大场面的结果;②部份反映体制中,引物针对样例免费的刺激性性较低,若在PCR循坏的初使的阶段(前5-10循坏),现已制造了丰富的小段落化合物生物富集,现在后继的循坏中,基本上都数反映会以小段落的化合物用作样例免费开展PCR扩增;上面两种原因累积,会造成小电影场面产品的分量博以上大电影场面产品的分量(可达到指数值级的差别的),故电泳时,小条带色度将高远于大条带的色度,以至于截然未能检测工具到大条带的会存在。优化方案:
将鉴定会各种染色体型的反应迟钝,各展开PCR测序,即在设计构思PCR方案设计范文时,甄选每款产品的特喜欢的人检验方案设计范文(常常辨别面值最小条带为合理测序条带,大条带大多数需不需要测序成功的 ,可能会有风险点较少,未作辨别利用)。各种修整策划方案:①根换加盟品牌更优的taq酶,让高循环往复系统数时的酶活尽可能的保持着最 佳动态;②根换增加引物,尽可能的防范低循环往复系统的有机物丰度。特殊情况:
在三种物品的情节发生的设计上的相互影响、或发生分明的GC含磷量明显不同时,其优势PCR扩张的物品将换成GC透亮、且不包含高等的设计的你的微笑物品,此高质量或者还可以覆盖率据此条带生产生的PCR扩张高质量相互影响。如图已知示2右图,物品①的GC含磷量透亮,但物品②的GC含磷量相当高,因为或许物品②条带远小于等于物品①,但PCR扩张高质量还是会是物品①越高。
所示 2
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气溶胶污染
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什么是核酸气溶胶污染?
核酸气溶胶严重影响, 即 DNA/RNA 气溶胶严重影响,是测试室中易于出来的的气氛严重影响。气氛与透明液体的液面磨蹭, 离心式法机离心式法,巨烈摇晃发应管, PCR 开盖,移液器重复吸样, 严重影响物外泄等原因均会所产生核酸气溶胶 。这样严重影响的有害就 PCR 测试但是通常更为明显 :极进样器的核酸气溶胶严重影响, 需先出现 PCR 增加假呈阳性。气溶胶污染的表现形式:
● PCR 试验中, 以去阴阳离子水为范本的 PCR 物品, 也能否测序出目的意义条带, 在检测体系中环境环保问题 、合格品间交叉重合环境环保问题的事情下, 就行了以为会有气溶胶环境环保问题;● 由于此类污染的 PCR 扩增模板实际为游离的气溶胶核酸片段, 通常情况下为核酸碎 片 , 且含量极低, 对于大片段的 PCR 扩增影响较小, 故通常出现在 PCR 产物大小在80-500bp 的 PCR 反应中。
气溶胶污染的预防及清理措施:
● 良好的实验习惯: PCR 实验前, 使用 75%乙醇, 进行桌面 、移液器的擦拭; 实验过程 中 , DNA 提取 、 引物溶解 、 PCR 体系配置时,尽量避免剧烈震荡, EP 管的开关尽量轻柔,如发生样品飞溅时,及时使用 75%乙醇擦拭 2 次。
● 实验室环境控制 :保持每天至少 4 个小时的通风, 尤其是冬夏开空调时期, 气溶胶污染高发。
● 当已经发现气溶胶污染时, 除了上述操作外, 我们会每天增加 8 小时的紫外照射, 并 开启实验室的负压通风装置, 由于气溶胶污染的顽固性, 通常 3 -4 周, 才可以完全清 除 。 而对于进行中的 PCR 实验, 我们建议在超净台/通风橱进行 PCR 实验, 开封新的试剂 、耗材(EP 管 、 引物 、酶 、 去离子水等) , 由于气溶胶核酸片段不完整 、含量较 低, 所以提高 PCR 程序中的退火温度, 同时降低 3 -5 个循环, 效果也比较明显; 条件 允许时, 可以尝试更换 PCR 扩增区域, 将扩增片段控制在 800bp 左右, 也可以有效避免此类问题。
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